De Noordelijke Rekenkamer ontvangt van de provincies Drenthe, Fryslân en Groningen een gelijke bijdrage in de kosten. Zij stelt jaarlijks een begroting op (zie de jaarstukken hiernaast); Provinciale Staten van de provincies kunnen daarop een zienswijze indienen. De rekenkamer beslist zelf over haar uitgaven.

In het onderzoeksprogramma laat de rekenkamer zien wat zij met haar middelen wil doen.

De Noordelijke Rekenkamer legt elk jaar verantwoording af over het gevoerde beleid, in de jaarrekening en het jaarverslag (zie de jaarstukken hiernaast). In het jaarverslag wordt toegelicht welke activiteiten in het voorgaande jaar hebben plaatsgevonden; de jaarrekening is de financiële verantwoording daarover. De begroting, jaarrekening en jaarverslag zijn openbare stukken en worden op de website gepubliceerd zodra deze documenten zijn vastgesteld.